随着花子菇栽培规模的扩大，病害越来越严重，已成为花子菇栽培中非常突出的问题，因为培养基中常出现杂菌，较难处理。防除其他作物，防制措施不当会导致严重问题。致两败俱伤。同时，香菇还是一种具有保健功能的菌类食品。使用该药时，要选择高效、低毒、绿色环保的杀菌剂，以防止对人体或子实体本身造成危害。因此，在病害防治过程中，必须坚持“预防为主、综合防治”的方针，着力改善养殖环境，减少和消除病害发生机会，建立综合防治体系。以生态防治为主，化学防治为辅的防治体系。保证了蘑菇的高产、优质、高效。
常见杂菌及其特性1、曲霉菌：是侧耳栽培盘袋中最常见的杂菌。发病初期出现白色绒毛状菌丝，蔓延迅速，菌落较粗大，很快变成黑色或黄绿色颗粒状粉状霉层，抑制菇菌丝的生长。蘑菇的菌丝生长良好并覆盖它，对出菇影响不大。
2、木霉菌：俗称绿霉菌，菌丝生长快，分生孢子产生绿色斑点即可鉴别。木霉菌有时会引起菌种和栽培盘袋大量报废。
3.脉孢菌：又称红面包霉，生长快。在分生孢子上长出一条长链，其上长出红色脉孢菌类型的分生孢子。感染了这种霉菌，蘑菇棚里很容易闻到酒味。
4、青霉菌：青霉菌是花子菇生产过程中最常见的霉菌，危害很大。 Penicillium菌丝体生长不快，但绿色分生孢子生长快，形成蓝绿色粉状霉层，能明显抑制青霉菌丝体的生长。
5、毛霉：俗称毛霉，菌丝稀疏，生长迅速，表面形成一层厚厚的白色棉状菌丝。随着生长，逐渐出现黑色的小球形分生孢子，几乎在任何潮湿的有机物培养材料方面，包括蘑菇菌种和培养盘袋中，都是很常见的。
细菌污染的原因
1、培养基灭菌不彻底。由于灭菌时间或压力不够，灭菌衣服太多，太紧不透气或放置不合理，都是高压灭菌时没有排气造成的。
2、蒸、接种不同步。有的菇农先集中蒸料，过几天集中接种，造成污染的机会较多。
3、接种时间过晚。 4、5月中下旬开始接种为时已晚，因为天气转暖了，容易感染杂菌。
4.杂菌菌株主要表现为菌块上或周围杂菌污染。这种污染往往是分批发生的，污染的杂菌比较一致。
5、接种操作造成的污染这种污染常散在培养基表面，主要原因是接种部位消毒不彻底或接种时无菌操作不严。
6、破口污染：在灭菌或运输过程中，不慎造成容器破损或出现微孔，或菌盘、菌袋被鼠害损坏，造成污染。
7.培养基与松木锯沫混合。由于松木屑中含有杀菌物质，能抑制侧耳菌丝体的生长，菌丝体不吃料，导致后期杂菌大量产生。
8、菌种老化菌种最适宜的菌龄为接种后40-50天。老株菌丝成熟，菌丝生长缓慢，后期容易感染杂菌。
9、培养基含水量过大花子菇培养基的湿度不宜超过65%，含水量过大菌丝生长缓慢。
10、菇棚内湿度过大。菇房内的相对湿度不宜超过70%，即宜干不宜湿。
11、阳光直射菌丝袋菌丝培养阶段如果有阳光直射，会抑制菌丝的生长。
12.通风有死角菌丝生长需要氧气。发芽期通风良好，可使菌丝快速生长，提前填满培养基。
综合防控措施
为保证花子菇的正常生长发育，实现优质高产的目标，应坚持“预防为主、综合治理”的方针。保持接种部位、工具和接种人员清洁卫生，防止传染。
1、选址选择地势较高、通风良好、水源清洁、远离畜禽舍等污染源的场地作为养殖场地。
2. 确保选择了培养基和培养盘袋。应选用新鲜、干燥、无霉变的堆肥。混合要均匀，配料应在同一天包装和灭菌。
3.培养基应彻底灭菌。应保证灭菌的压力和时间。
4、严格把控菌种质量，适当增加菌种用量。选择无病害、生命力强、抗逆性强的优良品种。
5、接种场所要彻底消毒，严格无菌操作接种。灭菌后的培养基板、袋应直接放入洁净冷却室或接种室。接种动作要迅速准确，防止细菌感染。
6、搞好栽培室和出菇场所的环境卫生，改善蘑菇生长发育的环境条件。栽培室和出菇棚要严格消毒，栽培过程中要加强通风，防止高温高湿。
7、定期检查，发现污染及时处理。被污染的栽培盘袋应立即销毁，或在出菇地50米外弃置。未经处理不得乱扔或从袋中取出，会造成环境污染，影响生产。场地不利。
8、科学用药。经常检查。如发现霉菌污染，应及时处理，以免扩散。出现霉斑时，可在患处注射高效氯霉素或1%克美新，可杀灭杂菌，不影响菌丝生长。污染严重和局部时，可先挖出霉菌，用5%石灰水喷洒患处。如果污染严重，应及时清理并深埋。
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